Năm 327, lo sợ Tô Tuấn, Dữu Lượng quyết định tước quyền chỉ huy quân đội của họ Tô bằng cách thăng làm quan phụ trách việc nông, một vị trí không liên quan đến chức chỉ huy quân sự. Sau do dự ban đầu, Tô Tuấn cuối cùng đã từ chối và lập một liên minh với Tổ Ước để chống Dữu Lượng. Khi nghe được điều này, Ôn Kiệu, người được Dữu Lượng phong làm thứ sử Giang Châu (江州, nay là Giang Tây) để chống Đào Khản, thứ sử của Kinh Châu (荊州, nay là Hồ Bắc), muốn nhanh chóng lên đường để bảo vệ kinh thành Kiến Khang, cũng như quân địa phương ở phía đông của kinh thành, song Dữu Lượng đã từ chối mọi sự giúp đỡ, ông ta muốn Ôn Kiệu vẫn ở vị trí để chống lại Đào Khản và tin tưởng rằng mình có thể dễ dàng đả bại Tô Tuấn. Lo rằng Dữu Lượng sẽ thất bại trước Tô Tuấn, Ôn Kiệu đã tiến về kinh, song trước đó Tô Tuấn đã bai vây kinh thành vào đầu năm 328 và bắt Thành Đế cùng Dữu Thái hậu làm con tim. Biện Khổn chết trong trận chiến, và Dữu Lượng bắt buộc phải chạy đến chỗ Ôn Kiệu. Tô Tuấn cho binh lính của mình cướp phá kinh thành, tài sản và y phục của các quan cũng như dân thường đều bị quân của Tô Tuấn lột sạch, chúng thậm chí còn bắt các hầu gái của Dữu Thái hậu. Dữu Thái hậu do bị Tô Tuấn làm cho nhục nhã và vì lo sợ những gì sẽ diễn ra nên đã chết trong lo âu.

Tô Tuấn đã lập ra một chính quyền mới, trong đó người được Tô Tuấn tôn trọng là Vương Đạo được phong làm nhiếp chính vương trên danh nghĩa, song bản thân Tô Tuấn mới thực sự là người nhiếp chính. Trong khi đó, Dữu Lượng và Ôn Kiệu đã cố lấy lại kinh thành. Người anh em họ của Ôn Kiệu là Ôn Sung (溫充) đề xuất mời Đào Khản, một tướng giỏi và có lượng binh lính khá lớn làm người chỉ huy tối cao của đội quân. Tuy nhiên, Đào Khản vẫn còn bực bội trước Dữu Lượng nên ban đầu đã từ chối. Tuy nhiên, họ Đào cuối cùng đã nhượng bộ và tham gia cùng Ôn Kiệu và Dữu Lượng. Họ tiến về phía đông đến Kiến Khang. Phản ứng lại, Tô Tuấn đưa Thành Đế đến thành Thạch Đầu trên thực tế là đặt vị hoàng đế cùng tùy tùng dưới quyền quản thúc. Trong khi đó, Vương Đạo đã bí mật lệnh cho các chỉ huy tiến về phía đông đẻ nổi dậy chống lại Tô Tuấn, ông cuối cùng đã thuyết phục được tước của Tô Tuấn là Lộ Vĩnh (路永) rời bỏ quân Tô để về phe quân Ôn và Đào. Si Giám cùng quân của mình cũng đến hội quân từ Quảng Lăng (廣陵, nay là Hoài An, Giang Tô).

Hai phe giao chiến trong nhiều tháng, mặc dù quân chống Tô Tuấn có lợi thế về quân số song họ đã không thể chiếm ưu thế, khiến Đào Khản từng xem xét việc rút lui. Tuy nhiên, Ôn Khiệu đã thuyết phục được Đào ở lại và tiếp tục chống Tô. Đến mùa thu, trong một cuộc tấn công ở Thạch Đầu, quân chống Tô ban đầu hứng chịu thất bại, nhưng khi Tô Tuấn tiến hành phản công, ông ta đã bị ngã ngựa và bị thương đâm trúng. Quân chống Tô xông lên và chặt đầu thi thể Tô Tuấn. Quân của Tô Tuấn ban đầu ủng hộ anh trai Tô Tuấn là Tô Dật (蘇逸) làm lãnh đạo và tiếp tục phòng thủ Thạch Đầu, song đã bị đánh bại vào đầu năm 329.

Với các hậu quả để lại sau khi quân của Tô Tuấn thất bại, như kinh thành Kiến Khang bị thiệt hại nặng nề, các quan đại thần đã xem xét việc dời đô đến Dự Chương (豫章, nay thuộc Nam Xương, Giang Tây) hoặc Hội Kê (會稽, nay thuộc Thiệu Hưng, Chiết Giang), nhưng Vương Đạo phản đối, lưu ý rằng Kiến Khang ở nằm ở một vị trí tốt hơn để quan sát phòng thủ từ hướng bắc chống lại Hậu Triệu, kinh thành cuối cùng vẫn đặt tại Kiến Khang. Ôn Kiệu được yêu cầu ở lại Kiến Khang làm nhiếp chính vương, song ông tin rằng Minh Đế mong đợi Vương sẽ giữa vai trò này nên cuối cùng Vương Đạo trở thành nhiếp chính vương. Trong khi đó, Dữu Lượng, ban đầu đề nghị từ bỏ mọi vị trí của mình và đi sống lưu vong, song cuối cùng đã chấp nhận làm một tổng đốc.

Do mẫu thân đã chết, Thành Đế lúc đó đang tám tuổi bắt đầu được bà nội, tức Tuân phu nhân nuôi dưỡng.